JSI принимает участие в работе многочисленных проектов в рамках различных европейских программ. Наибольшая вовлеченность JSI – в программу Horizon Europe, где в настоящее время Институт реализует более 100 проектов с общим бюджетом, превышающим € 37 млн.
Вместе с тем для обеспечения дальнейших успехов в предстоящей 10-й Рамочной программе (FP10) JSI разработал Позиционный документ по FP10, который был официально одобрен Научным советом на июньском заседании. В настоящее время разрабатываются руководящие принципы для FP10.